當小麥草發黴時，可以採取以下幾種處理方法：
挑出受到影響的部分：首先，應剔除受感染和已經發黴的部分。如果檢測結果顯示危害較小，可以保留未發黴的部分。
曝曬：將小麥草曝曬，直至水分減少到10%以內，然後存放在通風乾燥的地方或進行拼堆存儲。
深加工：可以將發黴的小麥草進行深加工，例如製成青貯飼料、日糧、毛料等，這樣可以提高營養價值並降低毒素含量，保障家畜的健康。
製作小麥草：將發黴的小麥加工成小麥草，利用其健康營養價值。
提取小麥酸：從小麥中提取天然有機酸小麥酸，可以用於製作保健品，如小麥酸口服液等。
用於製作家畜飼料：清理並去除黴變部分後，發黴的小麥可以加工成飼料用於家畜餵養。
進行工業利用：發黴的小麥還可以用於製作酒精、生物柴油等工業產品。
以上方法可以根據具體情況選擇適合的處理方式。