小龍女選擇等待16年的原因主要有以下幾點：
爲了讓楊過淡忘自己：小龍女深知自己身中劇毒，命在旦夕，而楊過的個性會使他在自己死後選擇自殺殉情。爲了騙楊過活下去，她選擇跳崖自盡，並在崖壁上刻下“十六年後，在此重會”的約定，希望這足以讓楊過忘記自己，即便忘不掉，16年後發現這個謊言，也不至於還要輕生。
爲了讓楊過有求生的意志：小龍女中了情花之毒後，自知無救，而楊過也身中劇毒。黃蓉告訴小龍女情花毒用斷腸草可解，但小龍女考慮到公孫止情花毒發作時的痛苦，不忍楊過受此劫難，因此她決定跳崖，讓楊過活下去。
爲了圓謊：爲了讓楊過相信十六年之約是真的，黃蓉編造了更多的謊言，包括南海神尼的治療和黃藥師與一燈大師的見證，以增加說服力。
歷史因素的考慮：根據歷史事實，蒙古大汗蒙哥死於釣魚城之戰是在1259年，而襄陽大戰是在1243年，爲了尊重歷史，這樣一減正好十六年。
綜上所述，小龍女等待16年的原因是爲了讓楊過活下去，同時也是爲了圓謊和尊重歷史背景。