尹姓的來源主要有以下幾種說法：
出自少昊氏。少昊是遠古時期羲和部落的後裔，古代東夷族的首領，號金天氏。他的兒子殷擔任工正官，被封於尹城（今河南省宜陽縣西北、新安縣東南，或今山西隰縣東北），後來殷的子孫以封邑名稱為姓氏，姓尹。
出自伊姓。商代初年的相國伊尹（名伊摯）的後人有一支以伊尹的官職尹為姓，所以這一支尹姓出自伊姓。
出自西周太師兮甲。兮甲，字伯吉甫，是周宣王執政時期的大臣。他的庶長子伯奇以「吉」為氏，嫡子伯封以「尹」為氏。
出自羋姓。羋姓源於南方楚國，為「荊楚十八姓」之祖，後有衍化為尹氏。
出自少數民族漢化。蒙古族博爾濟吉特氏、葉古祿特氏、音齋氏有的漢化尹姓；滿族錫伯族章佳氏有漢化為尹氏者；白族、苗族、壯族、朝鮮族等均有尹姓分布。
尹姓的發源地主要在河南、山西、陝西一帶，隨後擴散到全國各地。