2010年伊春空難的原因主要是機長的操作失誤和飛行機組的不當決策。
機長齊全軍在執行飛行任務時，違反了河南航空的《飛行運行總手冊》規定，在低於公司規定的最低運行標準（例如能見度低於3600米）的情況下，仍然決定進行進近操作。此外，飛行機組在飛機進入輻射霧、未能看見機場跑道且沒有建立必要的著陸目視參考的情況下，仍然穿越最低下降高度實施著陸。在飛機撞地前，儘管有無線電高度語音提示，飛行機組仍未採取復飛措施，繼續盲目實施著陸，最終導致飛機撞地。
間接原因包括河南航空的安全管理薄弱，例如飛行技術管理存在問題、飛行機組調配不合理、成員間協調配合不佳以及乘務員應急培訓不符合規定等。