巡航導彈和彈道導彈之間存在幾個關鍵區別：
飛行方式不同。巡航導彈在大氣層內飛行，通常以亞音速或超音速飛行，能夠進行低空或地面的攻擊任務；彈道導彈則大部分時間在大氣層外沿着橢圓軌道飛行，最終再入大氣層，以高超音速打擊目標。
動力系統不同。巡航導彈使用噴氣式發動機，如渦輪噴氣發動機或火箭發動機，通常只需要攜帶燃燒劑；彈道導彈使用火箭發動機，需要同時攜帶燃燒劑和氧化劑。
飛行軌跡不同。巡航導彈的飛行軌跡是可控的，能夠自主調節航跡；彈道導彈的飛行軌跡固定，在主動段由火箭發動機推動，之後進入自由落體狀態。
打擊範圍和速度不同。巡航導彈的射程相對較短，飛行速度較慢；彈道導彈的射程較遠，飛行速度快，通常能夠達到超音速。
精準度和突防能力不同。巡航導彈雖然精準度相對較低，但具有較強的隱身性能和突防能力；彈道導彈通常具有較高的精準度，但突防能力相對較弱。
這些區別使得巡航導彈和彈道導彈在不同的軍事任務中各有其優勢和應用場景。