工具酶是基因工程操作中使用的關鍵酶類，主要包括以下幾種：
限制性內切酶。這類酶能夠識別並切割特定的DNA序列，通常用於將外源DNA切斷，保護細胞不受異源DNA的侵害。
DNA連接酶。用於將兩條DNA鏈連接起來，形成磷酸二酯鍵。
DNA聚合酶。這類酶以DNA爲模板合成DNA。包括大腸埃希菌DNA聚合酶I、T4或T7噬菌體DNA聚合酶等。
RNA聚合酶。以DNA爲模板合成RNA，如T7或T3噬菌體RNA聚合酶。
逆轉錄酶。以RNA爲模板合成DNA，某些DNA聚合酶和逆轉錄酶具有逆轉錄活性。
Klenow片段。這是一種改良後的DNA聚合酶，用於合成cDNA第二條鏈或補齊雙鏈DNA的3′端。
Taq DNA聚合酶。主要用於DNA體外擴增（PCR）反應。
末端脫氧核苷酸轉移酶。用於給載體或cDNA加上互補的同聚尾或標記物。
鹼性磷酸酶。防止載體自身連接，去除5′端磷酸基團並加上羥基。
多核苷酸激酶。用於5′端磷酸化或5′端標記放射性核素。
以上工具酶在基因工程和分子生物學研究中發揮着重要作用，它們的使用使得科學家能夠精確地操控DNA分子。