巴西龜的冬眠時間通常從11月開始，持續到次年的4月。冬眠的具體時間還受到地理位置的影響，例如：
在長城以南、黃河以北的地區，巴西龜可能在10月中下旬開始冬眠。
在黃河以南、淮河以北的地區，巴西龜可能在11月中下旬開始冬眠。
在江淮之間地區，巴西龜可能在11月下旬至12月初開始冬眠。
在長江以南地區和西南地區（除華南），巴西龜可能在12月上中旬開始冬眠。
在華南地區，巴西龜可能在元旦前後開始冬眠。
在熱帶地區，如海南島、雲南西雙版納等，由於溫度較高，巴西龜不會冬眠。
巴西龜進入冬眠的條件是環境溫度低於15攝氏度，當溫度低於5攝氏度時，巴西龜會徹底進入冬眠狀態。在冬眠期間，巴西龜的心率和呼吸頻率會顯著降低，以減少能量消耗和水分流失。飼養者應該在氣溫下降前至少兩個星期停止給巴西龜餵食，並在最後三至四天將巴西龜放在溫水中浸泡，以促進新陳代謝和幫助腸胃消化排空。巴西龜在冬眠時不能離開水，應該放在有水的缸中，水深淹沒龜背即可，並可以在缸中放置一塊磚或石塊，以保證巴西龜能夠順利度過冬眠。當環境溫度回升到16攝氏度時，巴西龜會從冬眠中甦醒過來。