分辨巴西龜的公母可以通過以下方法：
觀察尾巴。雄性巴西龜的尾巴較爲粗長，尾巴基部較窄，末端較粗；而雌性巴西龜的尾巴較短小，尾基部較細，尾巴形狀相對更圓潤。
檢查腹甲特徵。雄性巴西龜的腹甲中央通常略微向內凹陷；雌性巴西龜的腹甲比較平坦。
觀察泄殖孔。雄性巴西龜的泄殖孔位置在尾巴上距離腹甲後緣較遠，形狀呈長形；雌性巴西龜的泄殖孔位置在尾巴上距離腹甲後緣較近，形狀呈圓形。
比較體型。同齡的公龜通常比母龜小，但母龜的腹甲較爲平坦；成年公龜的體型通常比母龜小且更薄。
檢查前爪。雄性巴西龜的前爪通常比雌性長。
需要注意的是，幼年巴西龜（個體重250克以下）由於性未成熟，性別鑑定可能比較困難。通過這些方法，可以較爲準確地分辨出巴西龜的公母。