要成功通過幻影之塔，需要遵循以下步驟：
準備道具。進入遊戲後，確保擁有以下兩件道具：gogo護眼罩和音速自行車。護眼罩可以在遊戲初期的商店中購買，而音速自行車則需要到紫堇市的自行車店兌換。
找到幻影之塔。在111號道路的沙漠地帶尋找幻影之塔的入口。這個入口很容易找到，位於起始城鎮下方、沙漠入口處。如果一開始沒有看到幻影之塔，可以嘗試走出沙漠再進入，重複幾次應該會出現。
通過幻影之塔一層。進入幻影之塔後，打開白銀噴霧器，向左或向右走，找到樓梯進入第二層。在第二層，需要使用音速自行車通過一段坑洞。在這裏，需要提前至少3格開始加速跑，到達牆壁後轉彎過兩格，再轉彎過兩格，再轉一次就能騎出這個難點。
通過幻影之塔三層。通過坑洞後，找到樓梯來到幻影之塔的第三層。按圖中所示的路線前進，使用碎巖，找樓梯上去。
幻影之塔四層。來到幻影之塔四層，使用碎巖，按圖中路線找到化石。左邊是木根化石（復活後爲觸手百合），右邊是爪子化石（復活後爲太古羽蟲）。拿走其中一箇化石後，幻影之塔會崩塌，另一箇化石會被埋藏到沙子裏。
選擇化石。在幻影之塔頂層，可以選擇帶走其中一箇口袋妖怪的化石。完成這一步後，幻影之塔就會永久消失。
在嘗試通過幻影之塔的過程中，建議存檔多次練習，以提高通過率。同時，注意在塔中要小心避開障礙物，否則會掉下塔並失敗。