《彈丸論破》系列遊戲的結局主要有以下幾種情況：
真結局。在真結局中，主角團隊打敗了大boss江之島盾子，之後主角走出了學院，迎來了勝利的結局。
BAD END。如果玩家在遊戲中選擇不揭露霧切的真正身份，將進入BAD END，這標誌著遊戲的失敗。此外，如果玩家在學院裁判中做出錯誤的判斷，導致犯人沒有被發現，遊戲也將結束，主角會死亡。
偽結局。偽結局是遊戲中的一個幻想結局，通常不被視為正式的結局。例如，在遊戲中可能出現的三男兩抱著幾個娃的場景。
隱藏結局。在完成一周目遊戲後，玩家可以在EXTRA的SCHOOL STORE中以一定機率獲得禮物「逃脫開關」。持有這個禮物的情況下觀看EXTRA的MOVIE欄，會看到一個名為「大家再見絕望學園」的MOVIE，這可以被視為一個隱藏結局，但它主要是一個全員脫逃的影像CG。
此外，《彈丸論破V3》的結局中，最原終一重審了第一章的案件，揭發了白銀紬為真正的兇手。遊戲的結尾留下懸念，最原終一開始懷疑白銀紬所述的語言的真實性，並帶著揣測和對未來的信念走向了「外面的世界」。