微生物指示作用是指利用特定微生物的特性、數量、種類和種群變化來指示環境或特定環境因子的特徵。
例如，在污水處理過程中，某些微型生物如原生動物和微型後生動物的種類、數量和生態狀態可以用來間接判斷水質和污泥的特性，從而指示污水處理的效果。例如，某些特定種類的原生動物在污水處理系統中數量多時，可能表明處理效果良好；而某些鞭毛蟲的大量出現可能指示淨化作用較差。此外，一些特定的指示微生物，如黎波豆蟲和變形蟲，可用於印染廢水的污染評價。地表水環境中病原微生物的污染評價也常利用指示微生物。
總的來說，微生物指示作用在環境監測和污水處理中有著重要的套用價值。