微生物食品主要包括以下幾類：
發酵食品。這類食品是通過利用有益微生物（如酵母菌、乳酸菌）加工製造而來，常見的發酵食品包括酸奶、乾酪、酒釀、泡菜、醬油、食醋、豆豉、乳腐、黃酒、啤酒、葡萄酒等。
單細胞蛋白質。這類食品是通過微生物（如酵母菌）的代謝作用，將某些物質轉化爲可食用的蛋白質，常見的有用人造肉、人造魚、人造麪粉等。
調味品。這類食品主要包括醋、味精等，這些調味品通常是通過微生物代謝產物（如酒精、氨基酸、有機酸、維生素等）製成。
主食。如饅頭、麪包等，這些食品在製作過程中也離不開酵母菌的發酵作用。
食用菌。如平菇、木耳、猴頭菇、香菇、金針菇等，這些食用菌富含多種營養成分，如碳水化合物、蛋白質、氨基酸、維生素、礦物質等。
藻類。如紫菜、海帶、髮菜等，這些藻類植物不僅味道獨特，還富含多種營養成分。
此外，還有一些特殊食品，如臭豆腐和臭冬瓜，這些都是頗具魅力且長期爲人們喜愛的食品。需要注意的是，雖然微生物食品種類繁多，但有些食品可能含有害微生物，如某些未經適當處理的食用菌可能含有致病菌，因此食用時需謹慎。