微肥的使用方法主要包括以下幾種：
漫種。將微肥溶解成一定濃度的水溶液，然後將種子浸泡其中，讓微量元素通過種子吸水膨脹的過程進入種子，晾乾後即可播種。
浸根。將微肥溶解成水溶液，然後將作物的根部浸泡其中，讓微量元素通過根部進入植物體。
蘸根。用適量的微肥與磷肥混合，均勻蘸附在植株根上，這種方法通常用於南方水稻秧苗。
基肥。將微肥與細乾土或細渣肥混合，於作物栽種前結合耕翻整地施入地里。微肥一般用量少，不宜深施。
追肥。將微肥與細土等混合或按比例對水，於作物生長期中施用。例如，稻田可與細土拌後撤施，也可對水潑施；旱地一般是對入乾糞或糞水中再施用，溝施、條施均可。
噴施。將微肥按比例對水，製成一定濃度的溶液，於作物生長期進行噴施。噴施用的水要清潔，並注意攪勻；噴施時間宜在無露水時，如有露水，肥液不易沾附作物葉子且易被稀釋；也不宜在炎熱的中午噴施，因中午太陽光強，蒸發快，易造成灼傷且不利吸收，最好在下午4時以後進行噴施，此時氣溫下降，作物葉片較乾，肥液容易沾附，經過一晚上時間，養分能較好地被作物吸收，效果較好。
此外，施用量根據作物和微肥種類而定，如鋅肥底肥每667平方米用量一般為1~2.5公斤，追肥每667平方米用量1公斤左右；硼肥一般指硼砂或硼酸，可作蘸根或浸種用，一般濃度為0.01%~0.1%。