徽州府衙的布局是一個典型的官式做法，具有以下特點：
三路數進，巷道縱橫：整個府衙布局分為左、中、右三路建築，巷道縱橫，布置整肅，分區明確。
南北向，前臨街衢：府衙坐北朝南，前臨街衢，儀門位於南側。
中路建築：中路分為前後兩部，前部兩進主庭院。第一進庭院北為正廳，用於舉行典禮、發布政令和審理案件。第二進為後堂和廂房，通過東西連廊與正廳連線。
後部庭院：後部兩進庭院是知府廨，即官邸。左、右兩路各建3個庭院，中部為經歷司、照磨所，前部置司吏宅，後部是屬官住宅，包括同知廨、通判廨、推官廨、經歷廨、照磨廨、知事廨、檢校廨等。
譙樓與儀門：儀門南是譙樓，是徽州府的大門，樓南建承宣坊。譙樓與儀門之間兩側是理刑廳、督糧廳等建築。
此外，府衙前還有申明亭、旌善亭等建築，用於公布處罰、判決和表彰善行。