分辨菩提根的真假可以通過以下幾個方法：
觀察光澤和顏色。真正的菩提根具有一種自然順白的光澤，色澤均勻，不死板，也不會脫色。相比之下，假冒產品顏色呆板不均勻，甚至可能掉色。
感受質感。真正的菩提根因為是植物的種子，所以有一種天然的植物油脂感，看起來有淡淡的油潤感，但並不油膩。而假冒產品可能沒有這種自然油脂感，或者油潤感過於強烈。
測試重量。真正的菩提根通常比同等體積的非天然菩提根更重一些。
點火實驗。用剪刀等工具夾住菩提根點火燃燒。真正的菩提根燃燒時沒有異味，可能有一些類似於手烤物的植物香氣，燒盡後不會留下液體，而是變成類似木炭的炭塊。相反，假冒產品可能會有一股焦臭的塑膠味，燃燒時會有黑色的液體，感覺粘稠。
觀察孔道。使用工具在孔道處刮幾下，真正的菩提根刮出來的東西輕輕用手捏一下就會變成粉末，而假冒產品刮下的東西難以碾碎。
價格判斷。真正的菩提根價格通常不會過低，尤其是品相好的。
使用沉水法。真正的菩提根和塑膠菩提根都可以沉入水中，但可以通過燃燒的方式進一步區分它們。真正的菩提根在燃燒時不會變黑，而塑膠菩提根可能會開始融化。
通過這些方法，可以較為準確地判斷菩提根的真假。