《愛在離別時》是一部以離別時刻為背景，描述了愛情與親情之間的糾葛與碰撞的故事。
主角柳時鎮（玄彬飾）是一名海軍軍官，他與妻子恩彩（徐智慧飾）過著遠離故土韓國的駐外生活。一天，恩彩帶著還沒出世的孩子突然身亡，時鎮陷入巨大的悲痛之中。在這段過渡期，他與妻子原生家庭中的親戚——她的母親和弟弟相識，並與他們建立了深厚的感情。他們在柳時鎮的母校當地教書，他們的善良和熱情讓他感到溫暖。
在這個過程中，柳時鎮遇到了遠在韓國的恩彩的母親的親戚，一個善良、聰明的韓國女人恩秀（孫藝珍飾）。他們開始互動，漸漸產生了感情。但是，柳時鎮還有他的家庭和軍人身份，以及恩秀的家人和親友的干涉，他們的愛情之路並不平坦。
故事最後，柳時鎮在愛情與親情的矛盾中做出了選擇，他選擇了離開家庭和軍人生涯，回到韓國尋找恩秀。他與恩秀一起面對了恩彩母親的遺願，他們的愛情得到了她的認可和支持。
整個故事充滿了愛情、親情、友情以及人生的苦辣酸甜，同時也揭示了當代韓國人的生活狀態和情感世界。