慈菇的保存方法有多種，以下是詳細介紹：
田間貯藏法。適合在南方地區使用，球莖成熟後，清除莖葉，在田間的原地貯存，每隔3至5行在行間挖一條30厘米寬的深溝，並將土壤覆蓋到兩邊，開溝便於排水，防止腐爛變質，覆土可以避免受凍。
泥藏法。在室內或露天場地上，用磚壘砌成池，一層慈菇一層泥土相間放入池內，上面覆蓋10厘米厚的泥土，清明節前打開翻倒，並切去萌發的頂芽，然後繼續在低溫條件下泥藏。
沙藏法。在室外用濕沙埋藏，注意經常用噴壺噴水加濕，春節以後如注意切去頂芽，仍可繼續貯藏。
水控貯藏法。利用流水降溫、保濕，堆藏室內，上面覆蓋草包，每4至5天澆一次清水，氣溫降至0℃以下時，上面更換乾草包覆蓋防凍。
運銷法。以筐包裝覆蓋、加襯圍，並需鋪墊草包，低溫運輸，注意經常灑水保濕。
冰櫃保存。將慈菇放入冰櫃的保鮮裡面保存，一般半個月是不會壞掉的。
此外，慈菇還可以通過清水浸泡、鹽水浸泡或曬乾後放入玻璃容器中保存。需要注意的是，保存慈菇時應避免長時間清洗或受潮，以免影響其保存效果。