慕斯蛋糕的保存方法主要取決於想要保存的時間長度，具體如下：
短期保存。如果計劃在短期內食用慕斯蛋糕，那麼冷藏是最佳的選擇。將慕斯蛋糕放在0-5攝氏度的冷藏室中，可以保持其細膩口感和柔軟度。在冷藏時，應該使用密封盒或保鮮膜密封，以防止蛋糕變乾燥和吸收冰櫃中的異味。慕斯蛋糕在冷藏條件下可以保存3到7天。
長期保存。如果需要長時間保存慕斯蛋糕，冷凍是一個更好的選擇。在-18攝氏度以下的冷凍室中，慕斯蛋糕可以保存數月之久。在冷凍保存之前，建議將慕斯蛋糕密封包裹在自封袋或保鮮袋中，然後放入密封盒中隔絕空氣。解凍時，建議提前20至30分鐘從冷凍狀態轉移到冷藏室中回溫。冷凍後的慕斯蛋糕口感可能會稍微硬一些，但解凍後通常可以恢復較好的口感。
需要注意的是，慕斯蛋糕不宜反覆冷凍和解凍，這會影響其質地和口感。此外，慕斯蛋糕在常溫下的保存時間非常短，大約半小時左右，因此在常溫下保存慕斯蛋糕需要特別小心。