戊二醛除藻的原理主要包括以下幾點：
破壞細胞膜：戊二醛通過其強氧化性，能夠氧化分解藻類細胞膜上的蛋白質，導致細胞膜破裂，破壞細胞內外的物質交換平衡，進而使藻類死亡。
抑制光合作用：戊二醛還能抑制藻類碳酸酐酶的活性，影響藻類利用二氧化碳進行光合作用的能力，最終導致藻類無法生存。
蛋白質變性：戊二醛與藻細胞內的某些物質發生反應，造成蛋白質變性，這會破壞細胞組織的正常運行，阻斷藻類的繁殖和生存途徑。
效果差異性：戊二醛對不同種類的藻類有不同的殺滅效果。黑色系藻類受到的效果最為顯著，其次是綠色系藻類，而細菌系藻類的效果相對較低。不同種類的藻類在受到戊二醛影響後，其死亡過程的時間長度不同，黑色系藻類最快，綠色系藻類較慢，細菌系藻類最慢。
使用戊二醛進行除藻時，需要注意反應條件、用量、療程以及後續的修養期，以保護水草和其他水體生物免受傷害。此外，戊二醛的使用還需要考慮光照、水溫等因素，以確保最佳的使用效果。