拮抗微生物主要包括以下幾類：
細菌：
枯草芽孢桿菌：能夠產生抗菌物質，抑制病原菌的生長。
洋蔥假單胞桿菌：通過分泌抗菌物質，對某些植物病害具有拮抗作用。
芽孢桿菌：應用於果蔬病害的預防及治理，如番茄的灰黴病、蘋果的斑點落葉病等。
土壤放射桿菌：具有拮抗作用，可用於果蔬保鮮。
真菌：
木黴：能夠防治香蕉和紅毛丹炭疽病等病害。
酵母菌和紅酵母：在抑制果蔬病變中有着較爲廣泛的應用，如青黴病、灰黴病等。
哈茨木黴：可防治多種果蔬病害，如香蕉和紅毛丹炭疽病。
放線菌：
鏈黴菌屬：對某些特定的微生物能夠起到拮抗作用，應用於果蔬病害的生物防治。
諾卡菌屬和小單孢菌屬：也具有拮抗作用，能夠提高果蔬的抗病性。
拮抗微生物通過分泌抗菌物質、與病原物競爭營養物質和生態位、促進植物生長和誘導植物產生抗性系統等多種方式來抑制病原菌的生長。這些微生物在農業病害生物防治、果蔬保鮮等領域具有廣泛的應用。