掣肘因素通常指的是阻礙事物發展的不利因素。在東北地區的情況下，導致營商環境惡化的深層次原因主要包括：
自然資源稟賦：東北地區陷入了「資源詛咒」，這是一個經濟學理論，指的是豐富的自然資源可能是經濟發展的詛咒而不是祝福。這意味著，儘管東北擁有豐富的自然資源，但這並沒有帶來預期的經濟成長，反而可能成為經濟發展的障礙。
人力資本外流：民間資本和外資的撤離也是東北營商環境惡化的重要因素。民間資本的撤離表現為2016年東北地區固定資產投資累計增速大幅低於全國整體增速，民間投資累計額的下滑幅度顯著。同時，外商直接投資（FDI）在遼寧省的存量雖然占比高，但吸引外資的增速直線下降，近兩年顯著低於全國整體增速。
體制機制滯後：體制機制的問題也是影響東北營商環境的一個重要因素。這包括政策制定和執行的不透明、不公平的市場競爭環境、官僚主義等，這些問題都阻礙了東北地區的經濟發展和吸引投資的能力。
綜上所述，東北地區面臨的掣肘因素包括自然資源稟賦的「資源詛咒」、人力資本和資本的外流以及體制機制的滯後，這些因素共同導致了營商環境的惡化。