提取目的基因的方法主要包括以下幾種：
從基因文庫中獲取目的基因。將含有某種生物的許多DNA片段導入受體菌中儲存，每個受體菌含有這種生物的不同基因。根據目的基因的相關信息（如核苷酸序列、功能、染色體位置、轉錄產物和表達產物蛋白質等）來獲取目的基因。
化學合成法。已知目的基因的核苷酸序列，可以使用DNA合成儀直接合成目的基因。
聚合酶鏈式反應（PCR）。已知目的基因的引物序列，將整個DNA放入合成儀中，只有引物與模板結合後，目的基因才能被大量擴增。
反轉錄法。以mRNA為模板，利用反轉錄酶合成與mRNA互補的DNA（cDNA），然後通過PCR技術擴增含有目的基因的cDNA片段。
體內DNA複製與PCR。這種方法結合了體內DNA複製和體外PCR技術，用於擴增很長的DNA分子中的目的基因。
核酸雜交篩選法。根據已知目的基因的核苷酸序列製備雜交用探針，然後通過雜交篩選出含有目的基因的菌落。
根據基因的功能篩選。設定相應的篩選條件，根據基因的功能分析出保守區域，設計引物並進行PCR擴增，最終通過遺傳轉化實驗驗證目的基因的功能。
根據基因在染色體上的位置篩選。確定目的基因兩側的緊密連鎖的分子標記，然後通過圖位克隆的方法分離目的基因。
這些方法各有優缺點，適用於不同的研究需求和目的基因的特性。