搔菌是一種在食用菌栽培過程中用於去除老菌絲或菌皮的步驟，目的是促進新菌絲的生長，從而提高出菇的質量和便於管理。根據不同的食用菌種類和栽培條件，搔菌的方法有多種，包括平搔、刮搔和氣搔。以下是詳細介紹：
平搔。適用於不傷害料面的情況，只是簡單地將老菌絲扒掉，這種方法使得出菇較早且數量多。
刮搔。適用於將老菌種和一定深度的表層料（如5毫米）一起刮掉，這種方法傷害了菌絲，導致出菇晚且數量減少，因此較少使用。
氣搔。適用於利用高壓氣流將老菌種吹掉，這種方法是最簡便的。
不同的食用菌種類需要不同的搔菌方法，例如杏鮑菇和白靈菇需要在接種口去除老菌塊，而金針菇、茶樹菇和真姬菇需要在袋口料面去除所有菌皮。雙孢蘑菇在覆土後第3天進行搔菌，用手或釘耙掃耙覆土直到料面。
搔菌的時間和方法也取決於栽培條件。如果時間充裕且溫度偏高，可以採取重搔方式，去除接種塊和表面基料，以促進新菌絲的生長。如果時間緊迫或氣溫適宜出菇，可以採用較輕微的搔菌方法，如使用硬質毛刷破壞表面菌絲，或者輕輕揉動菌袋以損傷表面菌絲。