摩梭人的信仰主要包括兩個方面：
達巴教：這是摩梭人的原始人多神教，相傳因教祖叫達巴而得名。達巴是摩梭人的巫師，掌握著摩梭人歷史、文化、古典哲學、地理、天文、醫學,以及部族世系祖譜、遷徙路線等。摩梭人家庭中，凡逢過年過節、婚喪嫁葬、為死者靈魂歸宗引路、主持成丁禮等各種祭慶禮儀，均由達巴主持舉行。達巴沒有寺廟，也沒有統一的組織，在幫人誦經做法事時，不計較報酬多少，也不分貴賤。
喇嘛教：喇嘛教於元代初期傳入瀘沽湖地區，是佛教在瀘古湖地區的稱謂。由於雲南政教合一的統治，摩梭人在信仰達巴教的同時，又信仰喇嘛教，兩種教相互滲透，相互影響，凡有祭慶禮儀，都要請達巴和喇嘛來念經作法，他們既互相配合，又各自為陣。在摩梭人中，喇嘛社會地位較高，有兒子者多送入喇嘛寺中當喇嘛。喇嘛教分為黑、黃兩教，兩教的寺廟俗稱大經堂。
此外，摩梭人還信仰藏傳佛教。