撒哈拉沙漠形成的原因主要有以下幾點：
自然原因。撒哈拉的季風雨的異常使撒哈拉地區的降水量變少，而撒哈拉處於熱帶，太陽輻射很強，蒸發量很大，江河湖泊日益乾涸。撒哈拉大草原就在這種濕潤期和乾旱期的反覆更迭中，逐漸演變成為大沙漠。
氣候原因。北非位於北回歸線兩側，常年受副熱帶高氣壓帶控制，盛行乾熱的下沉氣流，且非洲大陸南窄北寬，受副熱帶高壓帶控制的範圍大，乾熱面積廣；北非與亞洲大陸緊鄰，東北信風從東部陸地吹來，不易形成降水，使北非更加乾燥；北非海岸線平直，東側有衣索比亞高原，對濕潤氣流起阻擋作用，使廣大內陸地區受不到海洋的影響；北非西岸有加那利寒流經過，對西部沿海地區起到降溫減濕作用，使沙漠逼近西海岸。
地形原因。北非地形單一，地勢平坦，起伏不大，氣候單一，容易形成大面積的沙漠地區。
此外，還有板塊運動、人類過度開墾、砍伐樹木、破壞植被等原因，也促使了撒哈拉沙漠的形成。