政企不分的原因主要體現在以下幾個方面：
國有企業的治理結構問題。國有企業中黨、政、企三家合一的問題沒有得到根本解決。傳統體制下的國有企業治理結構是黨委領導下的廠長經理分工負責制，這種結構在實際運行中存在一定矛盾，如黨政權力交叉，缺乏嚴格規範的操作程式。
產權制度的缺失。國有企業長期採取國家政府所有制，改革僅在政府與企業之間進行局部利益和權力的調整，未涉及所有制和產權制度的根本改革。
行政權力的影響。政府對企業的干預部分來自行政權力部分來自所有者的身份。在政府所有制的前提下，政企不分成為題中應有之義。
歷史和現實政策原因。一些企業由於產權屬性的含混、產權主體的模糊或被納入行政直接控制範圍，導致政企不分。
政府管理許可權的混淆。監管部門未能正確定位自身的管理許可權，導致政府對社會管理權和企業經營權的混淆。
行政管理體制的影響。政府的行政化管理慣性，如國企具有的行政級別，與非上市國企管理中「政府是娘家，政治牌優先」的說法，都是政企不分的體現。
法律和制度上的磨合問題。從《企業法》向《公司法》的轉移過程中，國企治理需要實現從行政關係到股權為紐帶的出資人履行管資本的關係的轉變，這一過程中存在磨合問題。
綜上所述，政企不分的原因涉及國有企業治理結構、產權制度、行政權力干預、歷史和現實政策因素、政府管理許可權的混淆、行政管理體制的影響，以及法律和制度上的磨合問題等多個方面。