政企不分的弊端主要包括以下幾個方面：
角色混亂和監管缺失。政企不分導致政府角色模糊，既參與市場活動又負責監管，這導致政府行為與企業行為界限不清，公益性與經營性混淆，同時，作為監管者的政府與被監管的企業合二為一，使得監管效果大大降低。
低效率和資源浪費。由於政企不分，政府直接參與投資建設活動，往往導致盲目投資和低效運營，追求政績的心態還可能導致忽視經濟效益，從而造成資源的浪費。
市場化的障礙。政企不分限制了市場的有效運作，因為政府既是「運動員」又是「裁判員」，這會阻礙市場主體的正常運作和市場機制的發揮。
企業缺乏自主權和創新能力。政企不分往往導致企業缺乏經營自主權，影響企業的創新能力和市場競爭力。
限制經濟發展和生產力提升。政企不分束縛了社會生產力的發展，企業沒有生產經營的自主權，缺少激發企業活力的動因，阻礙了社會主義商品經濟的發展。
增加債務風險和財政壓力。在一些地方，城投公司債務問題和地方財政壓力與政企不分有直接關係，這種狀況不僅影響地方發展，還可能引發金融危機。
影響政府職能的有效發揮。政企不分使得政府難以專注於巨觀調控、市場監管等核心職能，從而削弱了政府部門管理經濟的應有作用。
綜上所述，政企不分不僅影響市場的健康發展，還可能導致資源配置效率低下和社會生產力發展受限。