政企合一的管理體制存在多種弊端，主要包括：
監督機制弱化。由於政企合一，監督往往對外不針對內部，導致企業內部職能弱化，比如，在菸草行業中，政企合一使得市場管理不到位，假冒偽劣產品泛濫。
增加腐敗風險。政企合一的體制容易導致權力尋租和腐敗問題。例如，在菸草行業，由於專賣制度的特殊性，容易產生腐敗問題，影響社會對行業的信任。
影響經濟效率。這種體制可能導致行政壟斷，與國際貿易規則發生衝突，損害國家利益。同時，也可能阻礙健康目標的實現，如《菸草控制框架公約》的目標。
阻礙企業發展。政企合一的管理模式可能導致企業管理行政化，不利於企業獨立實現自身職能，影響企業的獨立發展和創新。
降低工作效率。政企合一可能導致企業領導更多考慮所在行政區域的利益，而非企業的長遠發展，從而降低工作效率和質量。
因此，雖然政企合一在某些情況下可能短期內看似有效，但長期來看，它限制了企業的獨立性和創新性，增加了腐敗風險，且可能與國際貿易規則和健康目標相衝突。