政府公文回函的格式通常遵循以下結構和內容：
標題。由發文機關、事由和文種類別（如「復函」）組成，一般不可省略。
正文。包括受文單位、開頭用語、答覆意見、結尾四部分。受文單位要頂格寫；開頭用語多為「你處XXX函收悉，經XXX研究，現答覆如下」之類，要寫明來函日期、名稱和編號；接著是針對來函內容作出的具體答覆；結尾用「此復」「特此函復」等語作結。
落款。發文機關、日期並加蓋公章。
頁面設定和格式。頁邊距、發文機關下的線條、版心下方的線條以及文號的放置位置等都有具體要求。
例如，一個典型的政府公文回函可能首先在標題部分明確發文機關、事由和文種類別，接著在正文中詳細回應來函提出的問題或請求，表明立場或提出解決方案，最後在落款部分署名發文機關名稱、寫明成文時間年月日，並加蓋公章。