《新世紀福音戰士》的故事圍繞著主角碇真嗣和他所在的小組進行,描述了他們如何應對一個神秘組織的侵略計畫,以及他們的心靈和情感成長。
碇真嗣是一個因為自身經歷而極度厭惡人類和外界事物的高中生,他的故事由一個神秘的物體“EVA”開始。他與EVA共同作戰,同時也嘗試理解和面對自己的孤獨和痛苦。他遇到了其他的少女戰士,這些戰士的個性和情感故事也是故事的重要部分。
此外,故事中還涉及到一些關於人類、靈魂、宗教、哲學、政治和科技等主題的討論,包括自由意志、人類與神的關係、人類的本質和未來等。
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