新疆烤全羊的醃製方法是一個複雜的過程，主要包括準備醃料、醃製羊肉和最後的烤制過程，詳細步驟如下：
準備醃料。秘制小料包括芝痲鹽和孜然粉，蒜蓉醬由多種醬料和調料混合而成。主要調料有洋蔥、鮮姜、胡蘿蔔、尖椒、韭花醬、老乾媽豆豉醬、蘭州辣椒麵、鮮薑汁、生粉、雞蛋、鹽、味素、麵粉等。
醃製羊肉。先將綿羊去內臟後用淡鹽水泡一小時，然後撈出擦乾表面水分，將調料1（洋蔥、鮮姜、胡蘿蔔等）拌勻後填入羊肚子裡，將調料2（蘭州辣椒麵、鮮薑汁、洋蔥汁、生粉、雞蛋等）拌成糊狀均勻塗抹在全羊身上。
烤制。將準備好的羊肉放入烤箱，烤制時間大約為4個小時，溫度控制在150~200攝氏度。
這是一種傳統的製作方法，不僅涉及複雜的醃製過程，還需要耐心地烤制，使得羊肉外皮金黃酥脆，內部鮮嫩多汁。