新疆羊肉串的醃製方法有多種版本，但通常包括以下幾個基本步驟：
準備羊肉。選擇瘦羊肉，去掉筋膜並洗淨血水，切成小塊或方塊，大小約為1.5至2厘米。
醃製。將切好的羊肉放入盆中，加入調味料醃製。常用的調味料包括精鹽、芝痲、胡椒粉、孜然、小茴香、花椒粉、麵粉、蒜末、薑末等。有些做法中還會加入牛奶或雞蛋清使肉質更加嫩滑。醃製時間一般為2至3小時，有時甚至更長。
穿串。將醃製好的羊肉小塊均勻地穿在竹籤上，一般每串8至10個小塊。注意肥瘦相間，這樣烤出的肉串口感更好。
烤制。羊肉串可以放在炭火上烤制，邊烤邊翻動，待羊肉出油且變色即可。也可以使用烤箱，預熱至220度左右，烤約10分鐘，中途可撒上孜然粉和辣椒粉等調料提升風味。
以上步驟可以根據個人口味進行調整，例如增加或減少某些調料的使用量，或者改變烤制的溫度和時間。