日式庭院植物的選擇體現了簡約、自然的設計理念，常用的植物包括：
常綠喬木。如紅豆杉、榧樹、日本花柏、日本扁柏、寬葉山月桂、櫟樹類、光葉石楠、樟樹、鐵冬青等。
落葉喬木。如梧桐、梅花、楓樹類、安息香、木瓜、痲櫟等。
常綠灌木。如刺柏、矮紫杉、鋪地柏、馬醉木、鈍齒冬青等。
落葉灌木。如八仙花、鋸齒冬青、金雀兒等。
花木。如桂花、垂絲海棠、石榴、臘梅等。
草本和地被植物。如玉簪、蕨類、苔蘚、金邊麥冬等。
竹類。在日本庭院中套用廣泛，可用於創造寧靜和簡約的氛圍。
這些植物不僅在視覺上增添了庭院的美麗，同時也體現了日式園林的自然美和和諧感。