製作日式溏心蛋的方法如下：
準備材料。需要無菌雞蛋、醬油、味淋、白糖、清水、木魚花等材料。
煮蛋。將雞蛋從冰櫃取出放置至常溫，鍋中加入足量水，水開後，輕輕放入雞蛋，保持中火煮5至6分鐘。煮蛋過程中，用筷子輕輕撥轉雞蛋，使蛋黃位於蛋的中心位置。煮好的雞蛋立即放入冰水中浸泡，以防止蛋黃繼續煮熟。
剝殼。雞蛋在冰水中冷卻後，小心剝去外殼，剝殼時應輕柔以避免破壞蛋黃的完整性。
浸泡醬汁。將剝好的雞蛋放入預先準備好的醬汁中，醬汁通常由醬油、味淋、白糖和清水按一定比例混合而成。確保雞蛋完全浸沒在醬汁中，有的做法中還會加入木魚花增香。
浸泡和調味。將雞蛋連同醬汁一起放入冰櫃中浸泡一晚，讓雞蛋充分吸收醬汁的味道。第二天取出雞蛋，即可享用。
需要注意的是，煮蛋時火候和時間要掌握得恰到好處，以確保蛋黃呈半熟狀態，即流心但未完全煮熟。此外，使用的雞蛋應該是無菌蛋，以避免沙門氏菌等細菌污染。