要申請日本在留卡，需要遵循以下步驟：
準備材料：包括簽證申請書、護照原件、在留資格認定書明書原件或複印件、戶口本原件等。
辦理入境審查：在到達日本的空海港接受入國審查時，審查員會在中長期停留者（超過3個月的停留者）的護照上貼上上陸許可的印章，並發給附有在留資格的在留卡。
辦理住民登記：中長期停留者需要在取得在留卡的兩周內去自己居住的市區町村機關的視窗辦理住民登記手續，在在留卡裡面登記住所地址。
遺失或損壞處理：如果在留卡遺失或髒污了，需要向入國管理局提交再發放申請，辦理新的在留卡。
再入國許可：如果沒有得到再入國許可就離開日本的話，回日本時必須重新提交《在留資格認定證明書發放申請》並得到簽證。
請注意，具體流程可能會根據最新的政策和規定有所變化，建議在申請前諮詢當地的入國管理局或相關機構，以獲取最準確的信息和指導。