日本的姓氏歷史可以追溯到公元四世紀末的大和朝廷時期，當時的統治基礎是氏姓制度，其中以大和朝廷的大王為首的貴族與隸屬於朝廷的小國國王之間建立了有血緣關係的集團，這些集團稱為「氏」，而「氏」中的成員則有各自的「姓」。
在日本，姓氏的使用有著複雜的歷史。在1875年之前，只有占人口極少數的貴族、武士才有姓氏，而絕大多數人是沒有資格擁有姓氏的。1870年，為了徵兵、徵稅、製作戶籍等的需要，明治天皇頒布了《平民苗字許可令》，容許包括以前不準擁有姓氏的平民在內的所有日本人擁有姓氏。但已習慣有名無姓的日本平民對此並不熱心，因此創立姓氏的工作推行緩慢。1875年，明治天皇又頒布了《平民苗字必稱義務令》，規定所有日本人必須使用姓氏。隨著日本的姓氏數量極速增長，1898年，政府制定了戶籍法，每戶的姓這才固定下來，不得任意更改。
日本最常見的姓氏包括佐藤、鈴木、高橋、田中、渡邊、伊藤、山本、中村、小林、加藤等，其中排名前十的姓氏分別是：佐藤、鈴木、高橋、田中、渡邊、伊藤、山本、中村、小林、加藤。
此外，日本皇室沒有姓氏，因為天皇被賦予神性，不屬於任何氏族。