日本植物酵素的吃法因不同類型的酵素而異。酵素顆粒通常在飯後半小時每天食用1~2次；酵素粉可以在飯前一小時（減肥時）或飯後半小時（加酶時）食用，一天2~3次；酵素原液可以用40℃以下的溫水稀釋後服用，飯前或飯後均可，但腸胃敏感的人建議飯後半小時服用以避免刺激。
某些特定類型的酵素產品，如soso棒酵素果凍，建議在飯前空腹食用，如果胃功能較弱，則在飯後食用；青木瓜酵素主要成分為青木瓜、β胡蘿蔔素、維生素E等，具有消化食物、修復組織等功能。
服用酵素時，應避免使用超過建議的劑量，並注意產品說明中的具體指導。