日本自由行時，交通方式的選擇非常多樣，主要包括：
電車。日本最主要的城市間交通工具，包括JR線、私鐵線、捷運等。購買JR
PASS可在指定時間內無限次乘坐新幹線和JR全線列車，適合長期旅行者。
公共汽車。在城市內部或郊區之間提供服務，適合短途旅行。
腳踏車。在一些小城鎮和旅遊景點，租用腳踏車是一種經濟實惠且環保的交通方式。
計程車和汽車租賃。雖然不是最經濟的選擇，但在某些情況下可能更方便。
對於電子支付和交通卡的使用，推薦使用Suica或ICOCA卡，這些卡可以在大多數自動售票機上購買，適用於大多數電車和公車。這些卡片可以在日本所有地區使用，非常方便。
在京都、大阪等城市，捷運和巴士是非常便捷的交通方式。在這些城市，可以考慮購買一日券或Suica、ICOCA、Kitaca等交通卡，這些卡可以在大多數捷運站、便利店和酒店購買。
對於具體的行程規劃，可以根據自己的旅行計劃和目的地選擇合適的交通方式和票務。例如，如果你計劃在京都、大阪之間旅行，可以選擇JR線、阪急京都線、阪神本線等；如果從東京到神戶，可以選擇JR東海道山陽本線。
總之，日本自由行時，合理規劃和使用交通資源對於提高旅行效率非常重要。