昆明市擁有多個著名的湖泊，其中最重要的是滇池和撫仙湖。
滇池。也稱昆明湖或滇南澤，是雲南省最大的淡水湖，位於昆明市西南部，滇池的面積約為330平方千米，平均水深約5米，最深處可達11米。滇池不僅是一個重要的旅遊景點，還對當地的水資源和生態系統起著至關重要的作用，湖邊有多個風景區，包括雲南民族村、西山華亭寺等，是國家級旅遊度假區。
撫仙湖。位於滇池東南方向約17千米處，是斷陷型深水湖泊，平均深度約90米，最大深度約155米，是中國第三深的湖泊。撫仙湖的水質清澈，達到飲用標準，且蓄水量巨大，是其它湖泊無法比擬的。
除此之外，昆明還有其它幾個重要的湖泊，如陽宗海、杞麓湖和異龍湖等，每個湖泊都有其獨特的自然和文化特色。