明代的高僧中，最為著名的有「明代四大高僧」，他們分別是：
智旭：被奉為淨土宗第九祖，與憨山德清、紫柏真可、雲棲袾宏並稱「明代四大高僧」。他在佛學理論方面作出了極有影響的發展。
雲棲祩宏：被認為是明代中興淨土的宗師，提倡淨土法門，被後人尊稱為淨土第八祖。
紫柏真可：主張復興禪宗，對佛教各宗派思想採取調和態度，編輯成《紫柏尊者全集》。
憨山德清：主張禪教一致、禪淨合一，將禪完全地納入念佛之中，深得時人奉。
此外，明代還有許多著名的禪師，如楚石梵琦、夢堂曇噩、愚庵智及等。明太祖在登上皇位後，設立僧官、考試制度，頒布了制度牒、刻藏經(南藏)、整理僧籍等一連串新的佛教政策，還將當時的寺院僧分為禪、講、教三類。