明珠卡的充值方式取決於卡的類型和使用的手機系統。以下是關於明珠卡充值方式的詳細介紹：
普通卡和學生卡。可以在大連市內的6個IC卡售卡充值中心、大連市商業銀行的各儲蓄網點以及20個主要站點的調度室設立的充值點進行充值。
特種卡(明珠紀念卡)。這種卡可以在明珠公用卡股份有限公司客戶服務中心、部分郵政局網點、部分大商新瑪特超市網點、部分公交充值點以及其他指定地點進行充值。
單位集體辦理的明珠卡。需要到當初單位辦卡的系統網點進行充值，如果單位是在公交系統辦理的，職工就要到公交系統的充值點充值；如果單位是在商業銀行辦理的，職工就要到商業銀行的各網站充值。
對於使用安卓手機的用戶，還可以通過具有NFC功能的手機進行網上充值，只需將明珠卡貼在手機背面，選擇充值金額進行支付即可。而蘋果系統的用戶目前暫不支持網上充值。