在燃料電池領域，氫氣（H2） 被認為是最佳燃料之一，因為它可以直接用於燃料電池，簡化輔助系統，提高效率，並且排放接近零。儘管氫氣的製取工藝較為複雜且成本較高，但利用鹽製取氯鹼時產生的氫氣可以降低費用。
甲醇（CH3OH） 是另一種重要的燃料電池燃料，它可以通過天然氣轉化而來，儲存和運輸相對方便，且能量密度較高。甲醇的使用可以簡化燃料處理的工藝和設備，儘管在輕型和微型FCEV上，由於重整系統設備體積和質量較大，可能會影響採用燃料電池的可行性。
汽油 作為內燃機汽車的燃料，其熱量轉換為汽車驅動力的效率大約為11%。但如果將汽油重整為氫氣供燃料電池使用，效率可以提升至34%左右，顯著高於內燃機。
除了氫氣和甲醇，還有一些其他種類的燃料正在被研究，例如甲烷等碳氫化合物。這些燃料在化學反應過程中可能會在鎳正極上產生積碳和一些聚合物，但通過改進正極材料（如使用銅和陶瓷混合物燒結的正極），可以有效解決這一問題，使得這些碳氫化合物也成為燃料電池的最佳燃料之一。
綜上所述，氫氣、甲醇以及其他改進後的碳氫化合物都是燃料電池領域的最佳燃料選擇。這些燃料的選用取決於套用場景、效率需求以及成本考慮。