對人體或環境有益的微生物包括乳酸菌、酵母菌、食用真菌、益生菌、酵素（酶）、某些藻類（如蘑菇、靈芝）等。這些微生物在維護人體健康、促進作物生長、環境保護和工業套用等方面發揮著重要作用。具體來說：
乳酸菌和酵母菌。這類微生物有助於調節腸道功能、提高免疫力、促進營養物質的消化吸收。
益生菌。指那些能夠改善宿主微生態平衡、提高宿主健康水平的活菌製劑及其代謝產物。
酵素（酶）。作為催化劑，有助於促進化學反應的進行。
某些藻類。如藍藻，對改善土壤肥力和環境質量有重要作用。
益生芽孢桿菌和丁酸梭菌。這類微生物同樣具有維持腸道菌群平衡、增強機體免疫功能的益生特性。
這些有益微生物在食品發酵、農業生產、環境保護和醫療保健等領域有著廣泛的套用。