木材發生藍變的原因主要是含水率和碳水化合物含量過高，導致真菌在木材中繁殖。具體來說，當木材的含水率超過20%，以及木材中的碳水化合物（如澱粉和單糖）含量較高時，為真菌提供了理想的生長條件。這些真菌包括可可球二孢菌等，它們在木材管胞或導管中大量繁殖，並分泌出著色物將胞壁染色，從而引起木材藍變。
除了含水率和碳水化合物含量，藍變還受濕度、溫度、木材存儲條件、木材種類等因素影響。在高濕度環境下，木材容易吸收水分，導致真菌滋生；較高的溫度也有助於真菌的生長和傳播。如果木材儲存和運輸過程中堆放不當或通風不良，也可能導致木材受潮和霉變。此外，某些木材種類如松木和雲杉等軟木，更容易受到藍變真菌的侵襲。