木瓜醋的製作方法有多種，以下是幾種常見的製作方式：
簡易製作法。準備木瓜500克，生薑30克，醋500毫升。將木瓜去皮切絲，用加了少量鹽的開水焯一下，然後用涼水過涼並控水。加入切好的黃瓜絲和蒜末，倒入調好的醋，拌勻即可食用。
自然發酵法。將木瓜洗淨去皮，橫切成兩半，掏出籽，切成圈。把切好的木瓜放入容器中，倒入糙米醋浸泡，密封保存2個月後即成木瓜醋。飲用方法以5~8倍的開水稀釋。
醃製法。準備青木瓜，去皮後洗淨切成薄片，用鹽醃製三小時左右後，撈起來瀝乾水分。煮白醋並加入白砂糖，糖融化後關火晾涼，把晾涼後的白醋倒入木瓜中，大約醃製4天左右的時間就可以食用。喜歡吃辣的可以加入小米辣。
傳統製作法。取為總重量40%至95%的食用水，加入總重量20%至3%的食糖並使充分溶化。將木瓜果肉破碎，取破碎的木瓜果肉為總重量40%至2%加入食糖溶液中，將其裝入容器內並密封，讓其自然發酵4-30日。發酵後對其過濾所得液體即為木瓜醋。