製作木瓜醋的方法有多種，以下是一些常見的製作步驟：
簡單浸泡法：
材料：木瓜500克，山西老陳醋1升。
做法：將木瓜洗淨，去皮切開，去子後切塊，浸泡在山西老陳醋中。
浸泡時間：2個月。
飲用方法：以5～8倍的開水稀釋，除餐後飲用外，也可以多泡一些，當作飲料飲用。
額外提示：木瓜醋浸泡肉類食物對分解蛋白質特別有效，能夠使肉質軟化。但不喜歡木瓜口味者，可將其與其他果醋調和飲用。
燉煮法：
材料：木瓜500克，生薑30克，醋500毫升。
做法：將木瓜去皮切絲，用加了少量鹽的開水飛過，用淨水（涼的）過涼，控水備用。取一容器，將生薑、醋和木瓜絲放在一起調勻，澆在木瓜絲上面，拌勻即可食用。
服用方法：1劑分3次服用，每天1次，連續服用3～4劑。適宜於慢性胃炎和消化性潰瘍病人服用，也可用於呃逆、乳汁不下、惡露不盡者。
自然發酵法：
材料：剛摘下來的木瓜，塑膠罐子，白酒，鹽，紅糖。
做法：將木瓜洗淨，切塊晾一下水分。燒一壺開水，等水涼了只有一點溫度的時候木瓜也晾得差不多了。拿出洗乾淨的塑膠罐子，倒少許白酒，適量鹽，再放一小塊紅糖，放入晾好的木瓜，倒入晾好的白開水，封蓋。
等待時間：靜等兩到三個星期的時間。
提示：食用過多木瓜可損傷牙齒和骨骼，故木瓜不宜多食。常年消瘦消化不良的人，不妨嘗試多食木瓜，可以豐腴一些。
以上方法均可製作出木瓜醋，但具體選擇哪種方法取決於個人口味偏好和製作條件。