木腐菌的防治方法主要包括以下幾種：
加強傷口處理。使用殺菌劑如50%甲霜靈1000倍液或50%代森錳鋅1000倍液對傷口進行徹底消毒，覆蓋傷口附近的細胞組織。
選擇抗病品種。種植抗病力強的樹種，如富士等，以減少木腐病的發生。
農業防治。選擇排水良好的地塊種植，定期清理果園雜草和落果，及時清除病枝和病殘樹，刮除病部並集中燒燬。
生物防治。使用有益微生物如木黴菌劑、拮抗細菌菌劑等抑制病原菌生長，或利用植物提取物和生物有機肥料增強樹勢。
冬季塗白樹幹。使用石灰和水按一定比例混合進行塗白，以保暖和防蟲卵。
化學藥劑處理。使用特定化學藥劑如森活福康安、乙蒜素、松脂酸銅等噴塗病竈處和整個枝幹。
控制水分和溼度。保持木材含水率在18%以內，防止木腐菌的侵蝕。
改善土壤環境。改良根部土壤，保持疏鬆透氣，清除樹穴內覆蓋的植被。
適時噴施保護劑。在發病期和秋季，定期對樹幹和枝條噴施殺菌劑，以預防病菌侵染。
修剪和傷口處理。適時修剪樹枝，對修剪後的傷口及時用傷口癒合劑塗抹封閉，避免病菌侵染。
綜合以上方法，可以有效控制和減少木腐菌的危害。