木防己具有一定的腎毒性，但通常在合理使用下不會對健康造成損害。
木防己含有馬兜鈴酸類成分，這種成分可能會導致腎臟損害，如尿路結石、高血壓和腎功能衰竭等。在某些嚴重情況下，還可能引起心律失常、心臟擴大、肝大、腹水以及呼吸困難等症狀。雖然木防己具有祛風除濕、通經活絡、解毒消腫的功效，可用於治療風濕痹痛、水腫、小便淋痛等症狀，但長期大量使用可能會影響腎臟功能。
此外，木防己性寒，所以脾胃虛寒的人群應避免使用，以免引起腹痛、腹瀉等症狀。患者在服用木防己時應該遵醫囑，合理用藥，並注意個人健康狀況的變化。如果出現不適，應積極進行治療。