末端治理的弊端主要包括：
高昂的成本。污染處理設施的投資大，運行費用高，增加企業的生產成本，降低經濟效益。
處理效果有限。末端治理往往不能徹底解決環境污染問題，污染物可能只是被轉移而非徹底消除，如煙氣脫硫、除塵產生大量廢渣，廢水處理產生大量污泥。
資源浪費。末端治理未涉及資源的有效利用，導致自然資源的浪費。
技術難度大，風險高。污染治理技術難度大，處置過程中存在環境風險。
缺乏全面控制。末端治理忽視全過程控制，將控制污染和生產管理分裂開來，不能從根本上控制污染。
影響技術創新。末端治理趨向於加強而非減弱已有技術體系，可能犧牲真正的技術革新。
阻礙經濟發展。末端治理使得企業滿足於遵守環境法規，而不是投資開發污染少的生產方式，阻礙了經濟效益的提升和技術的進步。
綜上所述，末端治理因其高成本、低效、缺乏全面控制等弊端，已難以適應現代環境保護的需求。