在《寶可夢朱紫》二周目中，玩家可以嘗試以下活動：
探索第零區。第零區是帕底亞地區中部的巨坑，充滿謎團，2000年前就有人探索。
使用評定系統。在寶可夢中心與喬伊小姐對話解鎖評定系統，可以查看每隻寶可夢的個體值，對孵蛋非常有幫助。
再次挑戰道館。道館館主的等級和實力有所提升，可以再次挑戰並擊敗他們。
參加激鬥校園大戰。這是一場與主要NPC館主的對決，難度較高，擊敗後可以參加更高級別的太晶團體戰。
對戰天星隊。可以前往天星隊的位置再次與他們對戰，天星隊的BOSS在二周目也獲得了增強。
獲取大師球。在校長室與校長對話，可以獲得唯一的大師球，建議謹慎使用。
捕捉故勒頓和密勒頓。前往第零區的罪深處捕獲擁有雙形態的故勒頓和密勒頓，可以在主選單中選擇他們的對戰或坐騎形態。
參加太晶團體戰。通關激鬥校園大戰後，可以參加更高星級的太晶團體戰，包括夢特寶可夢。
收集圖鑑。完成帕底亞圖鑑，獲得閃光寶可夢的閃符。
歷史課程。通過歷史課程了解島上的四大封印，解除封印並捕獲災獸寶可夢。
以上活動可以幫助玩家深入了解《寶可夢朱紫》的世界，發現更多隱藏的秘密和寶可夢。